Die APAS entscheidet nach § 1 Abs. 5 APAS-Errichtungsgesetz durch Beschlusskammern. Hiervon betroffen sind insbesondere alle Maßnahmen, die im Rahmen der Durchführung von Inspektionen und berufsrechtlichen Ermittlungen ergehen sowie alle damit im Zusammenhang stehenden Nebenentscheidungen.

Beide Kammern haben jeweils fünf Mitglieder, einen Vorsitzenden und vier Beisitzer. Den jeweiligen Vorsitz führt der fachlich zuständige Unterabteilungsleiter. Die vier beisitzenden Mitglieder der Kammern dürfen nicht der Leitung der APAS angehören. Sie werden durch den Leiter der APAS unter Berücksichtigung der fachlichen Kenntnisse und Sachnähe in Bezug auf den Zuständigkeitsbereich der jeweiligen Kammer und die Tätigkeit des beisitzenden Mitglieds in der APAS bestimmt.

Neben den Beschlusskammern wurde nach den Vorgaben der Geschäftsordnung der APAS der Gemeinsame Ausschuss der Beschlusskammern eingerichtet. Dieser besteht aus der Leitung der APAS und den zwei jeweils dienstältesten Mitgliedern der Beschlusskammern mit Befähigung zum Richteramt.

Der Gemeinsame Ausschuss der Beschlusskammern entscheidet u. a. über den Erlass von Widerspruchs- und Einspruchsbescheiden.

Der nach Maßgabe von Art. 2 § 3 APAReG gebildete Fachbeirat berät die APAS bei der Erfüllung ihrer Aufgaben und kann auch Empfehlungen zur allgemeinen Weiterentwicklung der Aufsichtspraxis einbringen. Die Bestellung der Mitglieder des Fachbeirates erfolgt durch das BMWK für vier Jahre.

Derzeitige Mitglieder des Fachbeirates sind:

• Frau Prof. Dr. Annette Köhler, Lehrstuhlinhaberin, Universität Duisburg-Essen, Aufsichtsrätin (Vorsitzende)
• Herr Prof. Dr. Bernhard Pellens, Ruhr-Universität Bochum, Aufsichtsrat (stellv. Vorsitzender)
• Herr LRD Ralf Becker, Gruppenleiter Bilanzkontrolle, BaFin
• Herr Prof. Dr. Matthias Jahn, Richter am OLG, Lehrstuhlinhaber, Goethe-Universität Frankfurt am Main
• Frau Ute Wolf, professionelle Multi-Aufsichtsrätin